De acordo com as investigações, a fraude ocorria com a inserção de dados falsos no sistema EducaCenso, do Ministério da Educação, visando ao recebimento a maior de recursos do Fundo de Manutenção e Desenvolvimento da Educação Básica.

O Censo Escolar é a principal pesquisa estatística da educação básica e é realizado em regime de colaboração entre as secretarias estaduais e municipais de Educação, com a participação de todas as escolas públicas e privadas do país.

O Censo Escolar é usado como parâmetro para fatiar a quota que cabe aos entes federados e as unidades recebem conforme a divisão do número de alunos, em cada rede de ensino da educação básica pública, pelo total geral de toda educação básica pública, multiplicado pela estimativa de arrecadação.