Ki-moon havia sido cobrado por não ter comentado a política da ONU que é contrária à pena de morte.
O ex-chefe do serviço de inteligência iraquiano Barzan Ibrahim al-Tikriti, meio-irmão de Saddam, e o ex-chefe da Corte Revolucionária do Iraque Awad Hamed al-Bandar foram condenados ao enforcamento pela morte de 148 muçulmanos xiitas na vila iraquiana de Dujail, na década de 80.
'Assunto interno'
Em uma carta ao representante do Iraque na ONU, Ki-moon fez o apelo para a suspensão das sentenças.
Ao longo da semana, o novo secretário-geral causou furor no meio diplomático ao dizer que a punição capital "era uma decisão de cada estado membro" - palavras que soaram estranhas diante da oposição da ONU à pena de morte.
Segundo o correspondente da BBC Keith Adams, Ki-moon parece agora ter se alinhado com a política da ONU.
De acordo com a ONU, a carta "faz uma referência ao entendimento do secretário-geral de que todos os membros da comunidade internacional devem considerar todos os aspectos das leis internacionais de direitos humanos e humanitárias".
No sábado, o primeiro-ministro do Iraque, Nouri Al-Maliki, disse durante um discurso que o seu governo poderá rever as relações com qualquer país que tenha criticado a execução do ex-líder iraquiano Saddam Hussein.
"Nós consideramos a execução do ditador um assunto interno que diz respeito apenas ao povo iraquiano", afirmou.
Na Itália, o ex-premiê Silvio Berlusconi chamou a execução de "um erro histórico e político".
Já na Grã-Bretanha, Gordon Brown, provável sucessor do atual primeiro-ministro britânico Tony Blair, descreveu o enforcamento como "deplorável".