O Pantanal brasileiro está ameaçado de desaparecer por completo até 2050, diz a organização alemã Global Nature Fund, que critica o crescimento da monocultura e a construção de usinas na região. Segundo a ONG alemã o crescimento da área plantada com soja e cana-de-açúcar é uma ameaça eminente à existência do Pantanal, que, de acordo com suas previsões, poderá desaparecer em menos de cinco décadas.
O Global Nature Fund (GNF) criticou duramente o governo de Mato Grosso do Sul, que permitiu a construção de usinas para a produção de etanol na região. Segundo Marion Hammerl, presidente do GNF, a produção intensiva de soja e etanol "deve ser proibida" na região, já que contribuem para a destruição do ecossistema através do uso de pesticidas e da poluição dos rios.
A instituição declarou o Pantanal como a "região úmida em perigo de 2007", um título que é dado todo ano a uma área ameaçada. Entre as regiões que já receberam esse título no passado estão o lago Vitória, na África, e o lago Chapala, no México.
Biosfera
Por causa de sua flora e fauna exuberantes o Pantanal foi considerado Reserva da Biosfera Mundial e Patrimônio Natural da Humanidade pela Unesco no ano de 2000. Em dezembro de 2005 a ministra do Meio Ambiente Marina Silva assinou um ato para a constituição do Conselho Gestor da Reserva da Biosfera do Pantanal, que elabora e monitora o plano de ação da reserva.
No entanto, ambientalistas dizem que até agora pouco foi feito para preservar a área. Eles criticam também o cancelamento de um contrato do governo com o Banco Interamericano de Desenvolvimento (BID) que previa investimentos na preservação do Pantanal.